Полностью совместима с Yongnuo YN-E3-RT и системой вспышки Canon 600EX-RT и передатчика Сanon ST-E3-RT. Вспышка Yongnuo YN968EX-RT оснащена USB-интерфейсом для обновления программного обеспечения. Пользователи могут скачать файл обновления прошивки на официальном сайте компании Yongnuo. Поддерживается функция беспроводного оптического ведомого режима. Кроме того, вспышка поддерживает беспроводной оптический TTL-режим, совместимый как с протоколом Canon, так и с протоколом Nikon, также поддерживает режимы оптической ловушки S1 и S2. Поддерживает автоматический и мануальный режим зуммирования головы вспышки YN968EX-RT. Зуммирование вспышки можно изменять в диапазоне 20-200 миллиметров. Настройки сохраняются автоматически, есть поддержка индивидуальных настроек пользователя (Fn). Параметры вспышки будут автоматически сохранены, когда вспышка выключена, пользователи могут изменить установки вспышки если необходимо.
